晋元帝永昌元年（壬午，公元322年）王敦聚集军队，不朝见元帝，放纵士卒劫掠财物，皇宫、朝廷里的人奔逃离散，只有安东将军刘超屯兵不动，当值护卫，以及侍中二人在元帝身边侍奉。元帝脱下军衣，穿上朝服，环顾四周说：“王敦想得到我这个地方，应当早说！何至于如此残害百姓！”又派遣使者告诉王敦说：“你如果还没有将朝廷置于脑后，那么就此罢兵，天下还可以安然相处。如果不是这样，那么朕将回到琅邪，为贤人让路。”

刁协、刘隗战败以后，都进入宫中，在太极殿东侧阶与元帝相见。元帝拉着刁协、刘隗的手，流泪哭泣，呜咽有声，劝说并命令二人出逃以避灾祸。刁协说：“我将守卫到死，不敢有二心。”元帝说：“现在事情紧迫了，怎么能不走呢！”于是下令为刁协、刘隗准备随行的人马，让他们自谋生路。刁协年老，难耐骑乘之苦，平素又缺少恩惠，招募随从人员时，大家都推委不去。刁协出行至江乘，被人所杀，把首级送给王敦。刘隗投奔后赵，在任太子太傅时死去。

元帝命令百官公卿到石头拜见王敦。王敦对戴渊说：“前日的交战，还有剩余的力量吗？”戴渊说：“岂敢留有余力，只是力量不足罢了！”王敦说：“我现在这样的举动，天下人会怎么看？”戴渊说：“只看到表象的人说是叛逆，体会诚心的人说是忠贞。”王敦笑着说：“您可以称得上会说话了。”王敦又对周说：“周伯仁，您辜负了我！”周说：“您依仗武力违背顺上的道德，我亲自统率六军，不能胜任，致使君王的军队战败奔逃，这就是我辜负您的地方。”

辛未（十八日），元帝实行大赦，任命王敦为丞相、都督中外各军、录尚书事、江州牧，赐封武昌郡公，王敦都推辞不受。

当初，西晋都城覆没，四方人士都劝琅琊王即帝位。王敦想把握国政，怕元帝年龄较大，难以控制，想另行商议立君的人选，王导不同意。等到王敦攻克建康，对王导说：“不遵从我的意见，几乎全族覆灭。”

王敦因为太子司马绍有勇有谋，被朝野人士所拥戴，想以不孝的罪名诬陷太子，废除他的太子之位，因此大会百官，问温峤说：“皇太子以什么样的德行著称？”问话时声色俱厉。温峤说：“钩深致远，似乎不是我浅显的度量所能知晓的，依照礼义看来，可以说是做到了孝。”众人都认为的确如此，王敦的阴谋遭到挫败。

元帝在广室召见周，对他说：“近来发生的大事，二宫未受伤害，大家平安，这是否表明大将军王敦本来就符合众望呢？”周说：“二宫的情况，固然与陛下所说的相符，至于我们这些人的遭遇怎样，现在还未可知。”护军长史郝嘏等人劝周避让王敦，周说：“我既然备充大臣的职位，眼见朝廷衰败，难道还能再蛰伏草野中求活命，出外投奔胡、越吗？”王敦的参军吕猗，曾经做过尚书郎，为人奸猾谄谀，戴渊当时任尚书，憎恶他的为人。吕猗劝说王敦道：“周、戴渊都有很高的名望，足以盅惑士众，近来的言谈又豪无惭愧的意思，您不除去他们，恐怕将来必定会有重新举兵讨伐的忧患。”王敦素来忌妒他们二人的才能，心中颇以为然，不动声色地询问王导说：“周、戴渊，分别著称于北方和南方，应当升任三公之位是无疑的了。”王导不置可否。王敦又说：“如果不用为三公，只让他们担任令或仆射的职位如何？”王导又不回答。王敦说：“如果不这样，正该诛戮他们！”王导还是不回答。丙子（二十三日），王敦派遣部将陈郡人邓岳拘捕周和戴渊。此前，王敦对谢鲲说：我将任用周为尚书令，任戴渊为仆射。”这天，王敦又问谢鲲说：“近来民情如何？”谢鲲说：“明公的举动，虽然是想保全国家社稷，但民间的议论却认为不合大义。如果真能举用周和戴渊，那么民众的心情就熨帖平静了。”王敦发怒，说：“你这是粗疏不察，这二人名实不相称，已被我收捕了。”谢鲲愕然自失。参军王峤说：‘济济一堂人才多，文王安宁国富强’，怎么能诛戮诸位名士呢！”王敦勃然大怒，要将王峤斩首，众人中没有谁敢出言相救。谢鲲说：“明公图谋大业，不屠戮一个人。现在王峤因陈献可否违背意旨，便要杀戮，不也太过分了吗？”王敦这才放了王峤，贬职为领军长史。王峤是王浑的族孙。

周被捕，路经太庙，高声说：“贼臣王敦，颠覆国家社稷，胡乱杀害忠臣，神祗如呆显灵，应当快快杀掉他！”捕卒用戟刺伤周的嘴，鲜血下流直至脚后跟，但他容颜举止泰然自若，观望的人都因此而落泪。周和戴渊都在石头城南门外被杀。

元帝派侍中王彬犒劳王敦，王彬素来与周交