始皇帝见扶苏伏地不起，又想起芈虹，怒气渐消，他心中知道扶苏是恭孝之人，内心软弱，此番并非真要争夺太子之位。于是将他拉起来，道：“你常读儒家之书，当懂得君君臣臣、父父子子之道，如今他们这番上书非人臣之道。你不必多说了，朕自有分寸。”

扶苏拜谢。

几日之后，始皇帝再次下诏将上书之人剥夺一切爵位，贬为庶民。同时，在后宫之中斥责了韩夫人、吕夫人，责令他们安分守己，为天下做表率，不要与外臣有所牵连，韩夫人和吕夫人此后便备受冷遇。

虽然堵住了众臣子的嘴，但皇后和太子毕竟事关重大，总要对天下有个交代，于是始皇帝下诏追封芈虹为孝仁皇后，同时因诸公子都尚年幼，太子之事暂且不议。关于后宫中的制度、尊卑顺序均按照大臣们的建议执行。

太尉王翦看到这一切，惊出一身冷汗。他知道马上打天下的时代已经过去了，自己现在只能是消费以前积攒的功劳，而一旦有过错便可能惹火烧身，死无葬身之地。于是王翦上书，称道自己年迈，想为皇帝分忧，但却是心有余而力不足，请求归田。

始皇帝再三挽留，但王翦去意已决，无奈之下，始皇帝批准了他的请求。并再次赐予王翦大量的土地、珠宝，但此时，王翦谢绝了所有赏赐，只身一人回到了封地。始皇帝此时才明白王翦并非贪财之人，以前只不过是出于权宜之计，始皇帝非常敬佩王翦的道德人品，擢升王翦之子王贲为大将军。

此后，众大臣知道始皇帝忌讳这个话题，从此再也没人敢主动提起册立太子之事。李斯和赵高因为未曾上书，便更加得到了始皇帝的信任。而公子扶苏因为得到最多大臣的推荐而被始皇帝猜忌，父子之间更加疏远。