此时又乘机派人收回了窦宪的大将军印绶，改封为冠军侯，并让他和窦笃、窦景、窦瑰都回封地去，窦宪、窦笃、窦景到封地后，都被迫令自杀，此后，刘肇成功夺回政权，再现了汉宣帝刘询诛霍禹的故事。

班超的哥哥班固也因此受到牵连被免官，由于洛阳令种兢对班固积有宿怨，窦宪案发后，种兢借机罗织罪名，大加陷害，班固被捕入狱，同年死于狱中，年六十一岁，和帝得知班固已死，就下诏谴责种兢公报私仇的恶劣做法，并将害死班固的狱吏处死抵罪。

扫平了外戚窦氏的势力后，刘肇开始亲理政事，每日临朝听政，深夜批阅奏章，从不荒怠政事，他还多次下诏赈济灾民、减免赋税、安置流民、勿违农时，并多次下诏理冤狱、恤鳏寡、矜孤弱、薄赋敛，告诫上下官吏反省造成天灾**的自身原因，元兴元年，大汉垦田面积达732万多顷，户籍人口达5325万多人。对外方面，和帝时代汉朝在西域复置了西域都护，并平定了西域诸国的叛乱，降服了南匈奴。元兴元年十二月二十二日，汉和帝病死于京都洛阳的章德前殿，时年二十七岁。刘肇驾崩后，他出生仅一百余日的儿子刘隆继位，次年改元延平，是为汉殇帝。

汉和帝在位时大汉虽然稳定向上，但是为了对抗外戚窦氏，和帝开始重用宦官郑众，最后在论功行赏时，郑众因为是首功，所以被升迁为大长秋，这官职就是皇后近侍官的首领，负责宣达旨意，管理宫中事务。在进行策勋班赏的过程中，和帝注意到，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得刘肇的赞赏。因此和帝以后便经常同他讨论国家大事，这也导致了日后一些居心不良的宦官开始弄权……