个独立师处在悲痛的状态，大家带着沉痛的心情将张自忠将军的遗骨运往第三十三集团军的驻地宜城，当李宗仁将张自忠将军战死的消息发回到重庆时，蒋介石大为震惊，他首先问有没有夺回张自忠将军的遗骸时，得到的消息是国民卫队独立师以全歼日军第39师团战绩夺回了张自忠的遗骸后，立即命令，将张自忠将军的骸骨由宜昌逆江而上，运回重庆。

于是，刘振风又将张自忠的骸骨护送到了宜昌，交由第33集团军一部，将张自忠将军的灵柩带往重庆，在宜昌，全市下半旗，民众前往吊祭者超过十万人。全城笼罩在悲壮肃穆的气氛中。敌机在上空盘旋吼叫，却无一人躲避，无一人逃散。1940年5月28日晨，当灵柩运至重庆朝天门码头，蒋介石、冯玉祥等政府军政要员臂缀黑纱，肃立码头迎灵，并登轮绕棺致哀。蒋介石在船上“抚棺大恸”，令在场者无不动容。蒋介石亲自扶灵执绋，再拾级而上，护送灵柩穿越重庆全城。国民政府发布国葬令，颁发“荣字第一号”荣哀状。将张自忠牌位入祀忠烈祠，并列首位。28日下午，蒋介石与军政要员和各界群众在储奇门为张自忠举行了盛大隆重的祭奠仪式。气氛庄严，极尽哀荣。蒋介石亲自主祭，同时以军事委员会委员长的名义通电全军，表彰了张自忠一生的勋绩。随后，国民政府在重庆北碚雨台山为张自忠举行下葬仪式。蒋介石题词“勋烈常昭”，李宗仁题词“英风不泯”，冯玉祥题词“荩忱不死”。据史沫特莱记载，蒋介石的办公桌从此摆上了张自忠的遗像。张自忠殉国时，年仅49岁，他的夫人李敏慧女士闻耗悲痛绝食七日而死，夫妻二人合葬于重庆梅花山麓，后建有张自忠将军陵园和张自忠将张自忠将军纪念馆军生平事迹陈列馆。周恩来曾亲自写下文章称赞张自忠“其忠义之志，壮烈之气，直可以为中国抗战军人之魂”。

同年11月16日，张自忠被以国葬之礼权厝于重庆雨台山。后来，冯玉祥在墓畔种植梅花，并仿效明代史可法所葬的扬州梅花岭，将此山改名为梅花山。